.htaccess ile hassas dosyalara erişim kısıtlanabilir. Örneğin, `Deny from all` ile bir dizine erişim engellenir veya `<Files ".env"> Order allow,deny Deny from all </Files>` ile `.env` dosyası korunur. IP bazlı erişim için `Allow from 192.168.1.0/24` kullanılır. Ancak, yanlış yapılandırma site erişimini tamamen kesebilir; `apachectl configtest` ile test yapılmalıdır. Güvenlik için, `.htaccess` dosyasının kendisi `chmod 644` ile korunmalı ve düzenli yedeklenmelidir. XSS veya SQL injection gibi tehditler için `.htaccess` yeterli değildir; ek güvenlik katmanları gerekir.